به منظور توسعه تحقیقات بین‌رشته‌ای و تجمیع فعالیت‌های پژوهشی مرتبط با زیست فناوری و مهندسی زیستی راه‌اندازی شده است و با هدف ارتقاء نسبي سطح درآمد سرانه و رسيدن به اشتغال ، حفظ تنوع زیستی و ذخایر ژنتیکی، پاکسازی محیط زیست، افزایش کیفی وکمی محصولات غذایی وارتقاء سطح ایمنی موادغذایی، تبدیل ضایعات کارخانه‌های موادغذایی به موادی با ارزش افزوده بالا فعالیت می کند.
در سال 1364 به همت اساتيد و دانشجويان كارشناسي ارشد برجسته دانشگاه تشكيل شد و بعد از 5 سال فعاليت در سال 1369 تحت عنوان "مركز پژوهشي مهندسي برق" زمينه هاي فعاليت خود را به صورتي كه دربرگيرنده نيازهاي اصلي كشور در زمينه هاي برق و كامپيوتر باشد گسترش داد. از سال 1376 با تصويب شوراي گسترش وزارت علوم، تحقيقات و فناوري فعاليت خود را تحت عنوان "پژوهشكده برق و كامپيوتر" با سه گروه انفورماتيك، ارتباطات و نيرو ادامه داد.
با هدف توليد فناوري و نيل به ارتباط منسجم‌تر و انجام طرح‌های بزرگ تأسيس شد. نقش همه جانبه اين فناوري در عرصه‌هاي مختلف جامعه و نيز پتانسيل‌ها و توانايي‌هاي علمی، پژوهشی و صنعتی موجود در استان اصفهان منجر به تدوين نقشه جامع نانوفناوری استان شده است.
با مجموعه ای همگن از پژوهش‌های دانش بنیان علوم مهندسی دریایی با برآیند تولید علوم کاربردی و دانش فنی مهندسی درقلمرو ملی و بین المللی و پژوهش‌های منجربه تولید فناوریهای پیشرفته و ساخت تجهیزات دریایی و زیردریایی فعالیت می‌نماید.
در سال 1391 به منظور تحقق بخشي از وظايف پژوهشی كشور در بخش صنعت آب و آبفا، مشترك بين شركت‌هاي آب و فاضلاب استان اصفهان، آب منطقه‌اي اصفهان، آب و فاضلاب روستايي استان اصفهان و اداره کل حفاظت محیط زیست استان اصفهان و دانشگاه صنعتي اصفهان تأسيس شد.
با هدف دستیابی به فناوریهای پیشرفته و با ایجاد پل ارتباطی قوی بین صنعت و دانشگاه و هم راستا با رشد سریع صنایع هوایی و هوانوردی و انجام فعالیت‌ها و پژوهش‌های ارزنده در زمینه اویونیک (برق و الکترونیک هوانوردی) تأسیس شده است.
با هدف راهبری و مدیریت پژوهش و فناوری در صنعت فولاد و ارتباط مؤثر و مستمر بین مراکز علمی و فناوری با صنایع فولادی کشور راه‌اندازی شده و فعالیت میکند.
معاونت پژوهش و فناوری دانشگاه صنعتی اصفهان، به منظور گسترش و تعمیق پژوهش و فناوری متناسب با اولویتها و نیازهای جامعه و دستیابی به دانش و فناوریهای نوین، با برخورداری از توان علمی نخبگان دانشگاهی، تلاش میکند تا با ایجاد فضای مساعد علمی، راه را برای چرخه علم و فناوری مساعد سازد. این اهداف با ایفای نقش موثر مدیریتهای مجموعه در بخشهای مختلف، با بکار گیری تمام ظرفیتها، به سمت اجرایی شدن گام برمیدارد تا براساس نقشه جامع علمی کشور به رسالت خود دست یابد. مدیریتهای این مجموعه عبارتند از: